El esquema de manejo de esta Área Protegida está enfocado en salvaguardar la biodiversidad natural junto con la estructura ecológica subyacente y los procesos ambientales sobre los que se apoya, además busca promover la educación y el uso recreativo. Parte de la importancia de estas áreas radica en que soportan procesos biológicos esenciales, como la reproducción de las especies, lo que les permite ser fuente de recursos para las áreas circundantes y mantener los stocks de algunos recursos pesqueros.

Dentro del AP encontramos ecosistemas pelágicos y fondos marinos (zonas de fracturas regionales, el extremo norte de la fosa de Perú – Chile, el extremo sur de la fosa de Centroamérica, y cinco dorsales asísmicas: la dorsal de Cocos y la dorsal de Carnegie y las dorsales de Coiba, Malpelo y Regina).

Se encuentran en el AP especies pelágicas y bentónicas, entre las cuales se consideran también especies migratorias como los atunes, los peces dorados y los mamíferos marinos, también varias especies de peces demersales que cumplen parte de su ciclo de vida en el DNMI. Entre las especies de peces, las principales especies objetivo de la pesca son: el atún aleta amarilla (Thunnus albacares), el barrilete (Katsuwonus pelamis), el atún ojo grande (Thunnus obesus), y como especie acompañante la patiseca (Euthynnus lineatus). También es importante mencionar algunas con algún grado de amenaza como las tortugas carey (Eretmochelys imbricata), los tiburones martillo (Sphyna lewini), los tiburones ballena (Rhincodon typus), y las tortugas negras (Chelonia mydas), los tiburones zorro (Alopias vulpinus, A. superciliosus y A. pelagicus), los tiburones aletiblancos (Carcharhinus longimanus), las mantarrayas diablo (Manta birostris), las tortugas baula (Dermochelys coriácea) y las ballenas cachalote (Physeter macrocephalus).