Dentro del área del Parque, se identifican los ecosistemas de manglares, playas arenosas, bosques pantanosos y bosques inundables, sin influencia de agua salada.

El Parque registra una alta presencia de recursos hidrobiológicos. Según el SIPEIN, se le hace seguimiento a 186 especies de peces, entre otros sierras, pargos, corvinas, machetazos, barbinches, lisas, gualajos y merlusas. En cuanto a los crustáceos, se reportan tres especies de camarón: Langostino, Titi y Tigre, pero hay muchas más; también se encuentran langostas, cangrejos, jaibas, maricacos y tasqueros. En moluscos, se encuentran, entre otras, las siguientes especies: Piangua hembra y macho, Sangara, Calamar, Pulpo, Almeja, Pata de burro y Piacuil. Todas estas especies contribuyen a la sostenibilidad de la pesquería local, regional y nacional.

En cuanto a las aves, se reportan especies residentes como la Piura, la Garza real, la Garza morena,el Meniaculito, el Playerito, el Cumilinche, la Cuarita y el Pato cuervo entre otras, también se reportan aves migratorias como las gaviotas, los pelicanos, las tijeretas o fragatas, los zarapitos y el Chorlito piquigrueso.

Además, se encuentran reptiles como la Tortuga marina (Lepidochelys olivácea), la Tortuga patiamarilla, iguanas y serpientes. Algunos de los mamíferos que se pueden encontrar en el manglar son: el Oso perezoso, el Oso hormiguero, el Guatín, el Tatabro, la Guagua y el Tigrillo.

La característica más sobresaliente del Parque es la presencia de grandes extensiones de manglar con árboles de magnífico porte, con un dosel que alcanza entre los 40 y 50 metros de altura. Igualmente, hay presencia de Natal (Nypa fruticans), cuya especie destacada es el Nato y el Naidizal en zona de transición entre el Natal y el Guandal, que son bosques que poseen una gran riqueza en madera, debido a que albergan árboles de gran diámetro como el Cuángare (Eschweilera sp.) y el Sajo (Ceiba pentandra).

Actividad principal: Sin Ecoturismo
Actividades a desarrollar: Sin Ecoturismo

El Parque Nacional Natural Sanquianga protege la más importante reserva de manglares del Pacífico suramericano de una altísima productividad, así como su riqueza y variedad de especies asociadas de flora y fauna.

Objetivos de conservación del área:

• Conservar el ecosistema de manglar existente en el Parque Nacional Natural Sanquianga Territorio Ancestral y Colectivo, su biodiversidad y relaciones ecológicas, como una muestra representativa de este ecosistema en el Pacífico colombiano.
• Conservar los hábitats estratégicos para la supervivencia de especies migratorias de tortugas y aves marinas y playeras, que utilizan el AP como sitio de alimentación, descanso y reproducción.
• Mantener o mejorar el estado de conservación de los recursos hidrobiológicos del AP, con énfasis en especies de importancia pesquera local y regional.
• Promover los valores culturales, las prácticas ancestrales y tradicionales de los grupos étnicos del AP que posibiliten la conservación y el uso sostenible de la biodiversidad.