En el AP predominan los bosques tropicales densos y altos de tierra firme y de zonas inundables, sobre los afloramientos rocosos es común observar herbazales y arbustos densos sobre estratos de arena y roca, como también plantas adaptadas a las rocas las cuales se nutren y desarrollan gracias a los minerales que conforman este tipo de formaciones, tal es el caso de la Navia Acaulis, una pequeña planta de la familia de las bromelias, endémica de Colombia.

Así mismo, el AP es conocida como “Divortium acuarum”, eso quiere decir que, de su interior nace un sin número de caños y ríos de aguas negras que drenan sus corrientes a las macro-cuencas del Orinoco y el Amazonas. Por ejemplo, el río Inírida tiene su nacimiento en Salto Gloria y bordea por el norte el AP. Por su parte, de occidente a oriente sirve como un límite natural, al sur se encuentra el caño Bacatí, este tiene su nacimiento en la serranía de Tunahí y alimenta al río Vaupés. Estos ríos prestan importantes servicios ecosistémicos para las comunidades que habitan sus riveras, como en la obtención de alimento y el acceso al agua potable. Además, se encargan de la regulación atmosférica y climática, ayudan en el control de las inundaciones y de la erosión de los suelos, como también en el transporte de nutrientes. La Reserva Nacional Natural Nukak no solo es importante para el país por todo el valor natural y cultural que resguarda. La captura y fijación de carbono, la oferta hidrobiológica y la regulación hídrica y climática son los principales servicios ecosistémicos con los que cuenta el AP.

En la Reserva Nacional Natural Nukak hay presencia de especies características de las regiones Orinoquía y Amazonía como: grandes felinos, armadillos, tapires, aves rapaces, garzas y peces dulce acuícolas. Entre las especies que se reportan para el AP, algunas hacen parte de las prioridades nacionales y globales de conservación por los distintos grados de amenaza que ya tienen en otros sectores del país, como es el caso del Tapir (Tapirus terrestris) o del Jaguar (Panthera onca) entre otras.

Su diversidad en familias, géneros y especies de flora es muy alta comparada con otras áreas de la Amazonía colombiana, presentando numerosas especies de hábitat restringido o endémicas, propias del Escudo guyanés. De éstas, son característicos géneros como Sipaneopsis, Vellozia, Monotrema, Gongylolepsis, Euphronia, Araecoccus, Ochthocosmus, Acanthella, Humiria, Bonnetia, Hebepetalum, Clidemia, etc. Las pocas investigaciones hasta la fecha reportan 628 especies en total, principalmente del grupo de las leguminosas, rubiáceas, melastomatáceas, moráceas y anonáceas. Entre otras especies singulares, están dos bromelias únicas para Colombia: Greigia aff. amazónica y Aechmea sp (nueva especie).

Si bien las situaciones de orden público en la región dificultan el ejercicio de administrar y conservar el AP, el equipo técnico y profesional de la Reserva Nacional Natural Nukak ha venido realizando a lo largo de más de dos décadas un sin número acciones que conllevan a la reducción de los efectos negativos de las actividades humanas. Actividades de prevención, vigilancia y control, encaminadas a disminuir la pérdida y deterioro de la diversidad biológica y cultural mediante el ejercicio de la autoridad ambiental, restauración ecológica que permite mejorar el estado del AP y manejo de las presiones, contribuyendo a revertir los daños ocasionados por diversos tipos de disturbios antrópicos que deterioran el equilibrio en la composición, la estructura y la función de los ecosistemas repercutiendo en los servicios ecosistémicos, de tal manera que afectan los valores objeto de conservación. Los acuerdos de conservación con comunidades ocupantes o en la zona con función amortiguadora del AP contribuyen a detener la deforestación a través de la ejecución de diferentes actividades compatibles con la conservación y restauración de área degradadas. La Educación Ambiental cuyo objetivo es lograr la conservación y edificar una cultura, conllevando al resguardo del medio ambiente que permite incorporar a diferentes actores sociales. Por su parte, la investigación y monitoreo conducen a la generación de conocimiento donde hay vacíos de información para encaminar decisiones de manejo y fortalecer las capacidades del equipo del AP para conservar de la biodiversidad.

Igualmente, esta el apoyo y acompañamiento para impulsar iniciativas de conservación privadas como las Reservas Naturales de la Sociedad Civil y otras estrategias de conservación. Así mismo, el AP realiza de marera articulada con actores institucionales y locales, acciones y actividades de prevención en su zona de influencia en pro de la conservación del medio ambiente y la conectividad entre otras áreas del Sistema Nacional de Áreas Protegidas.