El Santuario sobre todo alberga bosques de manglar, con presencia de las cinco especies registradas para el Caribe colombiano. También encontramos el bosque de corcho, un ecosistema hidrográfico conformado por cinco ciénagas: La Tronconera, Pablo, La Escuadra, Bajitos y Morelos. Además, se destacan los caños Burro o Portobelo y Rico, que aunque no son propiamente del AP, la atraviesan proporcionando agua y sedimentos que influyen en la condición de sus ecosistemas.

Entre las especies de fauna del Santuario se destacan el Caimán aguja (Cocodrilus acutus), la Babilla (Caiman crocodilus), el Chigüiro del Caribe (Hydrochaeris hydrochaeris Istmus), la Zorra manglera (Procyun crancivorus), la Tortuga hicotea (Trachemys callirostris) y el Mono aullador (Alouatta seniculus) así como innumerables especies de aves como la Chavaria, el Pato real, la Garza, el  Águila, el Martín pescador, el Colibrí y el Pato buzo o Cormorán. Todas estas especies permiten que los ecosistemas mantengan un buen equilibrio, siendo también parte importante de la seguridad alimentaria de los habitantes de las comunidades vecinas al santuario.

Hay cinco especies de manglar presentes en el Santuario: Blanco (Laguncularia racemosa), Negro (Avecinnia germinans), Rojo (Rhizophorae mangle), Piñuelo (Pelliciera rhizophorae) y Zaragoza o Botoncillo (Conocarpus erectus). También encontramos Corcho (Pterocarpus officinalis), vegetación graminoide alta, vegetación acuática, algunos árboles y plantas de bosque seco tropical como el canta gallo (Sesbania grandiflora), Cedro, Ceiba y Roble.

Actividad principal: Sin Ecoturismo
Actividades a desarrollar: Sin Ecoturismo

El Santuario, junto con las zonas aledañas, sostiene ecosistemas que proporcionan a las comunidades una abundante oferta de productos del mar y de los ríos, como peces, caracoles, camarones, jaibas, cangrejos, pulpos y calamares, fundamentales para su seguridad alimentaria. Los bosques de manglar y de corcho también ofrecen materias primas esenciales para la producción de miel y la polinización realizada por abejas.

Con las comunidades de pescadores y agricultores, el área protegida trabaja en proyectos de pesca responsable, recuperación de zonas degradadas mediante la siembra de mangle y corcho, producción alternativa como la miel y la restauración de canales para garantizar el suministro de agua dulce a los ecosistemas. A nivel regional y nacional, el Santuario contribuye a la regulación climática, captura de carbono, generación de mercados verdes y fortalecimiento sociocultural comunitario.