El PNN Yaigojé-Apaporis alberga 18 ecosistemas, según el IGAC (1999). De estos, 37.8% (7 ecosistemas) no están representados en otras Áreas Protegidas del Sistema de Parques Nacionales Naturales. Entre ellos destacan:

• Bosques en terrazas, laderas y arenas blancas.

• Bosques en interfluvios y vertientes alomadas.

Además, otros ecosistemas están representados en menos del 10%, como el bosque medio en llanuras aluviales (B52) y el bosque bajo en planos aluviales con inundaciones esporádicas (B66). 84.9% del área del parque incluye ecosistemas únicos no cubiertos por otras Áreas Protegidas, reafirmando su relevancia en la conservación.

Importancia Hidrográfica

Situado en la cuenca del Amazonas, el parque es crucial para la regulación hídrica.

• Río Puré: Reservorio de agua dulce con caños, quebradas y lagos.

• Ríos Caquetá y Putumayo: Importantes corredores acuáticos con características únicas, como baja conductividad y pH ácido.

• Humedales: Vitales para la fauna acuática y como reservorios pesqueros.

Relevancia Ambiental

El parque no solo protege una rica biodiversidad, sino que también contribuye al equilibrio climático global y al sustento de las comunidades indígenas.

Características Biofísicas

El territorio incluye un mosaico de bosques húmedos tropicales, llanuras aluviales y formaciones rocosas como la Serranía de Taraira. Esta diversidad de paisajes refuerza su importancia ecológica y cultural.

El PNN Yaigojé-Apaporis destaca por su alta riqueza biológica, con registros preliminares de 362 especies de aves, 79 de reptiles, 73 de anfibios, 201 de peces, unas 400 especies de mariposas y diversas especies de mamíferos, muchas inéditas para Colombia y otras Áreas Protegidas nacionales.

El área se mantiene en buen estado de conservación, lo que favorece la estabilidad de sus poblaciones animales. En la Estación Biológica Caparú se han registrado varios primates como el mono aullador, el uacarí de cabeza negra y el mono ardilla.

El Lago Taraira alberga especies acuáticas amenazadas, como el manatí y dos tipos de delfines de agua dulce. Además, en ríos cercanos se encuentran poblaciones saludables de la nutria gigante, con bosques inundados clave para su conservación.

Estudios indican baja densidad de grandes vertebrados como jaguar, puma y danta, probablemente por la baja fertilidad del suelo y la consecuente baja productividad del bosque.

Respecto a reptiles, anfibios y peces, se reportan 121 especies en el Lago Taraira y el río Apaporis, con estudios en curso sobre la herpetofauna en Caparú.

El área es crucial para la conservación de aves rapaces, guacamayos y crácidos, además de servir como refugio estacional para aves migratorias de hemisferios norte y sur, como el zorzalito de Swainson y el playero manchado, junto a especies de migraciones más cortas que aprovechan sus recursos.

El PNN Yaigojé-Apaporis presenta una gran riqueza biológica, con 1.683 especies de plantas vasculares registradas. La región del bajo Apaporis muestra un mosaico diverso de bosques transicionales. El bosque más extenso se encuentra en colinas onduladas de suelos arcillosos, con un dosel promedio de 25 m y árboles emergentes de hasta 45 m, donde en 1 ha se identificaron entre 130 y 150 especies de árboles.

Las terrazas aluviales, vestigios de inundaciones del Pleistoceno, albergan un bosque diferente, dominado por palmas seje y Yetchas, con dosel promedio de 30 m y menor diversidad, con unas 90 especies predominantes de la familia Myristicaceae, distinta a la Moraceae dominante en las colinas.

Los bosques inundados (Igapó) a orillas de lagos y ríos se inundan más de ocho meses al año, tienen un dosel de 23 m y menor diversidad (alrededor de 60 especies, ninguna presente en tierra firme), dominadas por las familias Caesalpinaceae y Euphorbiaceae. La diversidad disminuye cuanto más prolongada es la inundación.

En la zona sur del resguardo Yaigojé-Apaporis (Estación Biológica Caparú) se han registrado 1.017 especies de angiospermas en 88 familias, con una alta concentración en 10-12 familias, donde las leguminosas representan cerca del 10% de la riqueza. Recientes colecciones han identificado seis especies nuevas para la ciencia en varias familias importantes.

“El territorio es la vida misma, nos fue entregado por la ley de origen, a cada grupo étnico, para la protección, reproducción de la vida y el bienestar de la humanidad. Todo para nosotros tiene vida, desde los árboles hasta las piedras, y por eso tienen su manejo y sus usos, por eso cuando los abuelos aconsejan se debe cumplir”. – REM PNNYAP.

El término de razón de ser se entiende en Parques Nacionales Naturales de Colombia como ese primer punto de encuentro en áreas protegidas que se encuentran en territorios indígenas, con el fin de que los propósitos de conservación se definan y se gestionen de manera conjunta con las autoridades indígenas. Su definición propiamente es: “construcción conjunta e informada de la importancia del área, incluyendo tanto la visión del territorio indígena en su conjunto como la misión de conservación, lo cual requiere la consideración no sólo de la importancia ecosistémica o de bienes materiales de la cultura sino también de la historia del territorio, su poblamiento, sus formas de producción, sus sistemas de regulación del uso de los recursos naturales, los valores de la cultura inmaterial como las prácticas rituales, así como de las expectativas de propiedad y uso que tiene la población.” (PNNC-DTAM, Leal, E. y Montero, H. 2011).

En el proceso de diálogo de saberes y de manera participativa entre las Autoridades Tradicionales y diferentes dependencias de PNN, se constituyeron los tres objetivos de conservación del PNNYAP, integrando la visión del territorio, los objetivos misionales de PNNC y el ámbito político de las autoridades del AP. Estos son:

• Objetivo de conservación 1: “protección de los valores materiales e inmateriales de los pueblos indígenas Macuna, Tanimuka, Letuama, Cabiyari, Barazano, Yujup-Maku y Yauna asociados a la conservación, uso y manejo del territorio y del área protegida como núcleo central del Complejo Cultural del Vaupés”.
• Objetivo de conservación 2: “Contribuir a la conectividad de los ecosistemas de las cuencas de los ríos Caquetá y Río Negro, garantizando la integridad ecosistémica del área como aporte a la funcionalidad de estas, a los procesos de regulación climática y al sustento de la reproducción social, cultural y económica de los pueblos indígenas del área protegida”.
• Objetivo 3: “Fortalecer el Sistema de Sitios Sagrados y rituales asociados sobre los cuales se soporta el manejo y uso del territorio representado en el área protegida que hacen los grupos indígenas del “Complejo Cultural del Vaupés”.