Fauna
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Dentro de la jurisdicción del Santuario los grupos faunísticos mejor estudiados son anfibios y aves. Para el primer grupo, se han registrado 33 especies, de las cuales tres son endémicas (Atelopus mittermeieri, Eleutherodactylus carlosssanchezi y Nymphargus vicenteruedai), recientemente descritas por Acosta et al., (2006), Arroyo (2007) y Velásquez et al., (2007) respectivamente; otras especies destacadas por su abundancia en el sector “La Sierra” son: Eleutherodactylus merostictus, Eleutherodactylus miyatai y Eleutherodactylus uisae (Gutiérrez-Lamus et al., 2004).

Con relación a las aves identificadas en la “La Sierra”, la lista presenta 125 especies agrupadas en 36 familias, dentro de las cuales Tyrannidae (17 especies), Trochilidae (14), Thraupidae (10) y Furnariidae (9), son las más diversas. En cuanto al estado de conservación de este grupo, las siguientes especies, se encuentran bajo alguna categoría de amenaza: Odontophorus strophium, Eriocnemis derbiy, Andigena nigrirostris, Campephilus pollens, Hapalopsittaca amazonina, Coeligena prunellei y Macroagelaius subalaris (Castillo & Serrano, 2003)

Hasta el momento, la diversidad de mariposas en el área protegida identificadas en un rango altitudinal entre 2500-3000 msnm., arroja 47 especies, entre ellas, las más abundantes son: Lasiophila prosymna, Heliconius clysonymus, Catasticta radiata, Oleria padilla y Morpho lympharis.

En mamíferos, se han evidenciado rastros y avistamientos de Tremarctos ornatus (oso de anteojos), Mazama Rufina (venado soche), Cebus albifrons (mono cariblanco), puma, tinajo y pequeños roedores, entre otros.