Hidrografía
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En cuanto a los ríos y caños presentes en el área protegida, estos hacen parte de dos de las más importantes cuencas hidrográficas de Colombia. Los ríos Cuyari, Isana y Guainía pertenecen a la cuenca del río Negro – Amazonas, en tanto que el río Inírida y sus afluentes a la cuenca del Orinoco. El río Inírida es el límite de Puinawai en la parte norte y atraviesa el resguardo de la cuenca media y alta del río Inírida. A diferencia de los ríos de aguas “negras” los cuales son la mayoría de las corrientes que bañan la Reserva, el río Inírida es, comparado con ellos, “rico” en recurso íctico. Los ríos Isana, Cuyarí y Guainía son de características diferentes, sus aguas negras de origen amazónico, acidas y “pobres” en nutrientes limitan la actividad pesquera, lo que hace que la cacería se convierta en un importante recurso para la dieta de las comunidades indígenas que habitan sus riveras.