En el área protegida se encuentran principalmente bosques húmedos tropicales. También existen formaciones de sabana de tipo amazónico, así como zonas de transición entre sabana y bosque.

Los cambios en los patrones de poblamiento y en los sistemas propios de regulación al interior de las comunidades indígenas que se encuentran en la zona de influencia de la RNN Puinawai son variables sobre las cuales se debe profundizar, con el fin de realizar análisis conjuntos que permitan establecer la relación entre estos cambios y el uso actual que se le esta dando a los recursos al interior de la Reserva.