La Reserva Nacional Natural Nukak se localiza en los municipios de San José de Guaviare (1,7%), El Retorno (73,3%) y Miraflores (24,7%), Departamento de Guaviare, y el municipio de Carurú (0,3%), Departamento de Vaupés, entre las coordenadas 1° 25′ 56” a 2° 23′ 58” N y 70° 46′ 13” a 72° 12′ 42” Oe. En general, está delimitada de Occidente a Norte por el Caño Tigre y el Río Inírida, al Oriente por el Río Papunaua, y al Sur por el Caño Aceite, el Caño Bacatí y el Caño Guaracú.