En la región está la divisoria de aguas mas occidental entre la Orinoquia y la Amazonia, con los ríos Inírida y Papunaua -que drenan a la Cuenca del Orinoco-, y varios tributarios del Río Vaupés -a la Cuenca del Amazonas-. La Reserva Nacional Natural Nukak es “Cuna de aguas”, delimitada por el Caño Tigre, los ríos Inírida y Papunaua, los Caños Bacatí, Guaracú y el Aceite.

Excepto el Río Inírida, la mayoría son de “aguas negras” (característica de los ríos amazónicos); en algunos sectores se presentan abundantes lagunas (conocidas como “madreviejas”) y extensas planicies de inundación de tipo meándrico. También son notorios los raudales o saltos, producto de los afloramientos rocosos; entre ellos, Salto Gloria, Chula, Golondrinas, Largo, Danta, Cajuche y el Kiniquiarí.