Fauna
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Con base en inventarios preliminares, acopio de información secundaria y muestreos realizados para la declaración del área, se evidencia en Yaigojé-Apaporis una gran riqueza biológica.
Yaigojé – Apaporis es un área rica en especies de fauna, lo demuestra el registro preliminar de 362 especies de aves; 79 especies de reptiles y 73 especies de anfibios; 201 especies de peces; aproximadamente 400 especies de mariposas y varias especies de mamíferos; muchas de las cuales no habían sido reportadas para el país y no se encontraban registradas con anterioridad para otras áreas protegidas del Sistema Nacional de Áreas Protegidas.
Mamíferos

El área se encuentra en un estado de conservación tal que favorece el mantenimiento de las poblaciones de fauna presentes en la zona.

En estudios realizados en la Estación Biológica Caparú se registra la presencia de los siguientes primates: Mono Aullador (Alouatta seniculus), Mico nocturno gritón (Aotus vociferans), Uacarí de cabeza negra (Cacajao melanocephalus), el Tití de collar o viudita (Callicebus torquatus), Capuchino de frente blanca (Cebus albifrons), Mono maicero (Cebus apella), Mono churuco (Lagothrix lagothricha) y Mono ardilla (Saimiri sciureus).

El Lago Taraira alberga especies amenazadas de mamíferos acuáticos como el manatí (Trichechus inunguis) y las dos especies de delfines de agua dulce (Inia geoffrensis y Sotalia fluviatilis), y en los ríos Ujca-Vica / Yaunas y el Ugá se reporta la presencia de poblaciones saludables de Nutria gigante o perro de agua (Pteronura brasiliensis); de tal manera, los bosques inundados por aguas negras de estos sitios son de gran importancia para la conservación de éstas especies.
Estudios realizados por Conservación Internacional Colombia, en áreas sin incidencia de caza, sugieren que hay una baja densidad de grandes vertebrados como el jaguar (Panthera onca), el tigrillo (Felis pardalis), el puma (Felis concolor), el tapir o danta (Tapirus terrestris), las tres especies de osos hormigueros (Myrmecophaga tridactyla, Tamandua didactyla y Cyclopes dydactylis), y las dos especies de venado (Mazama americana y Mazama gouazoubira); esta baja densidad puede deberse a la baja fertilidad de los suelos que trae como consecuencia la baja productividad de los bosques.

Reptiles, anfibios y peces:

En 2003, Sandra Correa de la Fundación Tropenbos Colombia, realizó una exploración de la Ictiofauna del Lago Taraira, Bajo Río Apaporis. En ésta, la investigadora reporta la presencia de 121 especies distribuidas en 10 órdenes y 21 familias. Actualmente, se adelanta una caracterización de la herpetofauna en la Estación Biológica Caparú

Aves:

El área de ecosistemas de transición declaradas como área protegida es importante para la conservación de las aves, porque permite sustentar los grandes requerimientos de área de dominio vital de grupos como los rapaces (águilas, halcones y búhos entre otros), guacamayos (Ara spp) y crácidos (paujiles y pavas).

También es especialmente importante para las aves migratorias, que usan el área de manera estacional para el desarrollo de alguna parte de su ciclo vital. Tal es el caso del zorzalito de swainson (Catahrus ustulatus) y el playero manchado (Actitis macularius), aves migratorias del hemisferio norte; y tijeretas sabaneras (Tirannus savana) y golondrinas (Progne modesta) migratorias del hemisferio sur; también hay presencia de aves migratorias de distancias más cortas que aprovechan la oferta de recursos del área, como: guacamayos (Ara spp) y grandes contingidos (pájaros paraguas).