En el grupo de aves se tienen 51 familias, 270 gèneros 402 especies . Las familias con mayor representatividad: Tyrannidae 30 Géneros y 47 especies; Thraupidae 19 Géneros y 43 especies; Trochilidae 28 Géneros y 36 especies. 18 de las 163 especies que presentan algún grado de vulnerabilidad a nivel local y global, un (1) endemismo Bangsia aureocincta; 11 endemismos de la Cordillera Occidental, 9 endémicas de Colombia y 14 casi endémicas.

Los mamíferos habitantes del Parque son representantes de la fauna endémica de los Andes, entre las cuales se tienen: Oryzomys minutsu, Echinoprocta rufescens, algunas en peligro de extinción: Tremarctus ornatus, Panthera onca, Puma concolor, Lontra longicaudis, Mazama americana; se encuentra la “Comadreja Colombiana” Mustela felipei, que ha sido catalogada como el mamífero más raro en Suramérica; los únicos cinco ejemplares que han sido estudiados provienen de Colombia y Ecuador. Uno en particular fue capturado en el Alto Galápago, limítrofe al Sur del Parque, UICN, s.f. 1.995. Se han registrado 110 especies de mamíferos pertenecientes a 67 géneros.

En reptiles se cuenta con registros para 108 especies, pertenecientes a 51 géneros y 9 familias. El suborden Serpentes registra 55 especies en 31 géneros y 4 familias. El suborden Sauria contiene 56 especies en 20 géneros y 5 familias (Anguidae, Gekkonidae, Teiidae, Gymnophthalmidae e Iguanidae), de las cuales las más diversas son las dos últimas. Los géneros que presentan una mayor diversidad son Anolis (Iguanidae) y Ptychoglosssu (Gymnophthalmidae).