Fauna
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Aves: Investigadores han propuesto a la Serranía de los Yariguies como un Área Importante para la Conservación de las Aves (AICA) (Boyla y Estrada, 2005) y sitio para la Alianza Zero Extinción (AZE) (Ricketts et al., 2005). La vertiente Oriental del Parque hace parte del EBA (038) y la vertiente Occidental es influenciada por este mismo EBA y el EBA (037) (Stattersfield et al., 1997). Se ha confirmado la presencia de 501 especies de aves, de las cuales 15 son endémicas, 14 se encuentran en alguna categoría de amenaza de la UICN (2 CR, 6 EN, 6 VU) y 5 más se encuentran casi amenazadas, además que arriban cerca de 33 especies migratorias (Donegan et al., 2010; Duarte-Sánchez et al., 2010; Stiles, 2011).

Mamíferos: Se ha corroborado la presencia de 82 especies de las cuales 26 son murciélagos y 56 son de hábitos terrestres, 2 son endémicas para Colombia, el maco caguetas Aotus cf. lemurinus y la ardilla  runcha Microsciurus santanderensis.  En alguna categoría de amenaza de la UICN (2011) se encuentra Ateles hybridus hybridus (CR), Aotus cf. lemurinus (VU), Tremarctos ornatus (VU), Lontra longicaudis (VU), Panthera onca (VU), Dinomys branickii (VU), Tayassu pecari y Mazama rufina (VU) (Briceño, 2005; Villanueva, 2006; Duarte-Sánchez et al., 2010; Fundación Panthera, 2010; Cáceres et al., 2011; López, 2011).

Herpetos: Se ha registrado cerca de 26 especies de reptiles y 31 especies de anfibios, de estos Ranitomeya virolinensis, endémica de los Andes Nororientales y en peligro de extinción (ISA, 2002; Montealegre, 2006, Calderón, 2011; Duarte-Sánchez, 2011).

Peces: Se ha reportado la presencia de 23 especies de las cuales 22 presentan hábitas superficiales y 1 de hábito troglodíticos (Duarte y Mantilla, 2011), que corresponden el 19,8% del total de especies reportadas para el departamento de Santander (Castellanos-Morales et al., 2011).

Artrópodos: En el parque se encuentran 253 especies de mariposas diurnas (Huertas y Donegan, 2006; Andrade, 2011), 45 especies de escarabajos coprófagos (Rosado, 2006; Morales et al., 2010) y 21 especies de libélulas y caballitos del diablo (Duarte y Garzón, 2011).