El área se caracteriza por presentar ecosistemas con elementos biológicos andinos y amazónicos, y riqueza hídrica que alimenta a cuatro subcuencas hidrográficas (Alto Magdalena, Suaza, Caqueta Medio, Alto Caquetá).

En el Plan de Manejo del Parque Nacional Natural Serranía de los Churumbelos Auka Wasi se mencionan los siguientes Ecosistemas Valores Objeto de Conservación del Parque Nacional Natural Serranía de los Churumbelos Auka Wasi son:

a.Selva húmeda tropical: Se distribuye entre los 300 y 1100 mnsm, sobre las cuencas Fragua Grande y Caquetá. Es uno de los ecosistemas que reporta los mayores registros de aves (221 especies), Reptiles y anfibios (20 especies) y plantas (109 especies de árboles) para el área de trabajo de las expediciones Colombo-Británicas. La composición florística de esta franja se caracteriza por presentar elementos florísticos amazónicos (entre los 300 y 700 msnm) y elementos florísticos andinos y amazónicos (entre 700 y 1100 msnm). Las familias botánicas predominantes son: Annonaceae, Myristicaceae y Moraceae.

b.Bosque húmedo subandino: Se distribuye entre los 1101 y 2100 mnsm, sobre las cuencas Fragua Grande, R. Alto Caquetá, R. Villalobos, R. Mandiyaco y R. Guarapas. Las familias con mayor diversidad de especies son: Lauraceae, Arecaceae, Sapotaceae y Leguminosae, registradas en muestreos de vegetación arborea realizados a los 1450 mnsm; y Bombacaceae, Burseraceae, Fagaceae Hippocastanaceae, Meliaceae y Moraceae, en muestreos realizados a los 1900 msnm.

c.Bosque húmedo andino: Se distribuye por encima de los 2100 msnm. Sobre las cuencas Fragua Grande, R. Alto Caquetá, R. Villalobos, R. Mandiyaco y R. Guarapas. Las familias representativas en este ecosistems corresponde: Fagaceae, Lauraceae, Rubiaceae, Cunnoniaceae, Euphorbiaceae, Chloranthaceae y Melastomataceae.

d.Paramos azonales: Se distribuyen en el Cerro Santo Domingo, ubicado en la divisoria de aguas de las cuencas R. Mandiyaco, R. Villalobos y R. Guarapas.