El área del Parque está conformada por planicies estructurales amazónicas y terrazas sedimentarias, así como vegetación de bosques húmedos tropicales medios y altos y bosques inundables.

El ecosistema del área es considerado estratégico para la seguridad ecológica del país, por cuanto contribuye a la consolidación de un corredor biológico que conecta las áreas de zonas protegidas existentes en el noroeste amazónico de Colombia, Brasil y Venezuela, evitando además el aislamiento del Trapecio Amazónico. Además cuenta con ecosistemas diferenciados como son los varíllales, manchales de palmas de puy, cananguchales, asaí, yabarí, playas, lagos y salados (Foto a, Foto a).

La única cabaña con la que cuenta el área protegida al interior del Parque se denominó Puerto Franco del Parque Nacional Natural Río Puré. Esta se encuentra ubicada sobre la margen derecha del río Puré, 7 km aguas arriba de la frontera con el Brasil (latitud 2° 8’20.04″S, longitud 69°34’54.30″W). En el sector Puerto Franco se han identificado 4 unidades fisiográficas a escala 1:100.000: 1) ríos, lagunas, madre viejas, playas y playones; 2) plano inundable y llanuras aluviales menores; 3) microcuencas de laderas alomadas, onduladas y 4) terrazas medias a altas disectadas (FPR 2013). Así mismo, el sector presenta un rango altitudinal entre los 50 msnm y los 150 msnm (DEM 30m USGS).