Se encuentran representados en el Área Protegida ecosistemas de bosques inundables, ciénagas, bosques riparios en llanura aluvial y selva húmeda tropical, los cuales ofrecen servicios ambientales de soporte como producción primaria, reciclaje de nutrientes y formación de suelos.  Servicios de regulación como polinización, a partir de las más de 600 especies de plantas con asociaciones de insectos y mamíferos especialmente.  Permiten también la regulación climática, regulación de caudales y saneamiento de aguas a través de procesos de descomposición de materia orgánica altamente eficientes.

Las ciénagas y ríos del Área además de ser ecosistemas de vital importancia ecológica sostienen una importante actividad pesquera artesanal (Mora, 1990), madera para la construcción de embarcaciones y viviendas, agua para consumo humano, fibras y semillas para la construcción de artesanías, ofreciendo servicios de aprovisionamiento a las comunidades locales.

El PNN Los Katíos presenta un espacio natural que es un atractivo único, aparte de la biodiversidad y las inmensas posibilidades de avistamiento de aves, el Parque cuenta con paisajes de enorme belleza como los saltos Tilupo, Tendal, Tendalito, La Tigra, además de las ciénagas de Tumaradó. Las diferentes etnias también representan un interés, ya que forman parte de la riqueza cultural de la región. Los Wounaan son los únicos que habitan el territorio del parque, pero los Tule, los Emberá y los afrodescendientes viven en las zonas aledañas. De otra parte, sitios clave de los ecosistemas del Área representan para las comunidades indígenas como las de Juin Phubuur sitios sagrados de gran importancia, lo cual quedó consignado en el Régimen Especial de manejo (REM) con ésta comunidad, constituyéndose todos los anteriores en servicios culturales de tipo espiritual, religioso, recreativo y turístico, estético, de herencia cultural e identidad del sitio.