En la actualidad el parque Nacional Natural Los Katios se encuentra rodeado por comunidades afrocolombianas, campesinas e indígenas. Al interior del área protegida en el sector cristales se ubica la comunidad indígena Wounaan de Juin Phubur, los cuales iniciaron su reasentamiento en este sector el año 2004.  En el sector sur, las comunidades más cercanas al parque son Bijao, Puente América y la Honda, las cuales pertenecen al Consejo Comunitario de la cuenca del rio Cacarica. Se ubica también en este sector el Resguardo Indígena Peranchito de la etnia Embera –Katio.

Al sur de las ciénagas de Tumaradó se ubica Puerto Plata, caserío de pescadores itinerantes procedentes en su mayoría de Tumaradó. En el mismo sector un poco más al sur se encuentra la comunidad campesina de Lomas Aisladas, conocida también como “El 40”.

Al sur oriente del área protegida, cerca del municipio de Riosucio se encuentran las comunidades de Yarumal, Venecia y Nueva Unión pertenecientes al Consejo Comunitario de Los ríos La Larga y Tumaradó. En el sector norte se encuentra el resguardo indígena Arquia de la etnia Tule; en el sector nororiental sobre la margen izquierda del río Atrato se ubica la comunidad de Tumaradó perteneciente al Consejo Comunitario Mayor del Bajo Atrato.  Un poco más distante en el sector nororiental, en la desembocadura del río Atrato en el Golfo de Urabá se ubican las comunidades de Bocas del Atrato y Leoncito pertenecientes al Concejo Comunitario de Bocas del Atrato y Leoncito.