La riqueza y diversidad en fauna es grande incluyendo en la clase aves gran número de especies, dentro de las que se resaltan la presencia del Inca del sol (Coeligena orina), La tángara multicolor (Chlorochrysa nitidissima) y las bancsias (Bangsia melanochlamys) , (Bangsia aureoncincta), entre otras especies más; por el lado de la clase mamífera se reconocen el Oso de anteojos (Tremarctos ornatos), el Venado soche (Mazama americana), el Puma (Panthera onca), la Guagua (Cuniculus paca), el Ñeque (Dasyprocta punctata), la Chucha de orejas blancas (Dasyprocta pernigra), El margay (Leopardus weidii) y la tayra (Eira barbara) registros que han sido confirmados por la implementación de fototrampeo. Otras especies de mamíferos reportadas para el AP, son el tatabro (Pecari tajacu), Nutria de rio (Lontra longicaudis), ardilla enana (Microsciurus sp) y primates como mono colorado (Alouatta seniculus), tití (Saguinus geoffroyi), cariblanco (Cebus capuchinus), marteja (Aotus sp) y marimonda (Ateles geoffroyi). Por otra parte, otros grupos que enriquecen esta biodiversidad corresponden a la herpetofauna, ictiofauna y peces.