Los biomas existentes en el PNN Cordillera de los Picachos son:

Orobioma alto de los Andes. Se encuentra ubicado sobre los 2.800 msnm, comprende las zonas más altas de la cordillera oriental e incluye unidades como los herbazales del orobioma alto de los Andes (con arbustos o no arbolados), a este bioma corresponde el complejo de paramos de los Picachos y se extiende sobre el 5% del área del Parque.

Orobioma medio de los Andes. Comprende las zonas medias de la cordillera oriental en los departamentos del Meta, Caquetá, Cauca, Putumayo y Nariño entre los 1.800 y 2.800 msnm, corresponde al Bosque húmedo andino” y es el más ampliamente representado en el parque en aproximadamente el 70% de su extensión total.

Zonobioma húmedo tropical de la Amazonía y Orinoquia.

Los ecosistemas asociados son el bosque y herbazal denso alto de tierra firme. Este bioma corresponde a la Selva Húmeda y se extiende sobre el 18% del área del Parque.

Helobioma Amazonia y Orinoquia. En las planicies y valles aluviales de los ríos andinos y amazónicos, están asociado a los cauces de los ríos Guayabero, Platanillo, Leyva y los caños Yulo y Templado en el PNN Cordillera de los Picachos, con extensas unidades de bosque denso alto de tierra firme en terraza de la planicie aluvial. Este bioma corresponde al Bosque Inundable y ocupa el 7% del área total del Parque.

Ecosistema de bosques inundables de la megacuenca Orinocense – Amazonense: Este ecosistema o sub- ecosistema, ocupa los planos de inundación de todos los ríos principales, por debajo de la cota de 500 m.s.n.m.