La comunidad coralina de profundidad frente al Archipiélago de San Bernardo es una de tres localidades identificadas a la fecha en el Caribe Colombiano con una abundancia significativa de corales escleractíneos azooxantelados y una alta diversidad de invertebrados asociados a ellos.

En el borde de la plataforma continental entre 120 y 180 metros, se han registrado 19 especies de corales escleractíneos, siendo Madracis myriaster la especie dominante y al parecer la principal especie estructurante con un rango de distribución de 120 a 240 m de profundidad. Esta cualidad hace de esta comunidad coralina un tipo de hábitat “raro” en la región Caribe y el mundo, lo cual le confiere un mayor valor en términos de prioridad para la conservación.

Otras especies de escleractíneos abundantes son: Anomocora fecunda, Coenosmilia arbuscula y Thalamophyllia riisei. En ésta localidad se han registrado tres formas de crecimiento de corales escleractíneos: curva (T. riisei y E. cornucopia), arbustiva (M. myriaster y A. fecunda) y solitaria (Caryophyllia berteriana y Coenocyathus parvulus), las cuales brindan diferentes opciones de hábitat y sustrato de asentamiento para otras especies. Asociados a estos corales se ha registrado un total de 115 especies de invertebrados y peces, con una diversidad particularmente alta de equinodermos, 38 especies. Los peces más abundantes son escorpiones, lenguados y serránidos de talla pequeña.

En la zona nororiental del Parque se presenta un ambiente de arrecifes mesofóticos (entre 30 y 100 m de profundidad) de características únicas, atribuido a la alta transparencia del agua. Allí, se han encontrado 13 especies de corales duros, los cuales son comunes en arrecifales coralinos someros (Agaricia sp., Montastraea cavernosa, Meandrina meandrites Orbicella franksi, Madracis senaria, Porites astreoides¸ Eusmillia fastigiata, entre otras). Está dominada por rodolitos y algas frondosas como Stypopodium zonale, Asparagopsis taxiformis, Dyctiota spp., Lobophora variegata, Caulerpa racemosa, Amphiroa tribulus, Peysonellia spp., Halimeda spp. En cuanto a la comunidad de peces arrecifales, se evidencia una alta biomasa dominada por Stegastes partitus, S. planifrons, Centropyge argi y Thalassoma bifasciatum. También parece común la presencia de peces de alta importancia económica (Lutjanus annalis y L. jocu) y ecológica (Scarus guacamaya y Balistes vetula) y se logró observar un individuo de tiburón Carcharhinus perezi.

Los mamíferos marinos (odontocetos) también son frecuentes en el área protegida y se presentan en grupos de 3 a 15 individuos. Las especies más comunes son Stenella frontalis, S. attenuata, y S. cf. Clymene y se destaca que los grupos están representados por individuos de diferentes tallas (adultos y juveniles). Por otra parte, si bien el Parque no presenta tierra emergida, sí es común observar aves migratorias. Hasta el momento se reportan nueve especies, de las cuales destacan por una mayor frecuencia de ocurrencia, la reinita de pino (Dendroica pinus) y el piquero pargo (Sula leucogaster).

Similar a otras áreas protegidas del Caribe, también se ha registrado la presencia de la especie invasora pez león (Pterois volitans), cuya abundancia incrementa en la cima de montañas submarinas del Parque. Hasta el momento, su rango de distribución en el área protegida, oscila entre los 37 y 140 m de profundidad.

Finalmente, el PNN Corales de Profundidad presenta un hábitat afótico situado en la cima de una montaña submarina entre los 300 y 330 m de profundidad. Allí se han observado más de 800 organismos bentónicos que comprenden 38 posibles especies, pertenecientes en su mayoría a esponjas, moluscos, equinodermos y cnidarios.