Peces, Crustáceos y Moluscos

En relación con los recursos hidrobiológicos, se han registrado para Bahía Portete 217 especies de 67 familias a partir de observaciones directas por buceo y muestreos y mediante revisión de material conservado en museos. Se conocen pocas Bahías o lagunas costeras de América con una fauna de peces tan variada. Entre las especies capturadas con redes las más frecuentes fueron Eucinostomus gula. En cuanto a las especies demersales, se encuentran principalmente: Lutjanus synagris (chino), Poliprion americanus (cherna o mero), Pagrus pagrus (pargo), Mugil lisa (lebranche), Albula culpes (macabí), Clupeidos (sardinas), Haemúlidos (roncos)  y tiburones. . En cuanto a los peces pelágicos-costeros, considerados recursos estacionales y fuente apreciable de biomasa e importantes para la pesca artesanal, son comercialmente importantes tres especies de Scombridae: sierra, caballa y carite. Entre los crustáceos está la langosta (Panulirus argus), y cuatro especies de camarones: camarón tití (Xiphopenaeus kroyeri), camarón blanco (Penaeus (L) schmitti), camarón rojo (Penaeus (F) notialis) y camarón pintado (Penaeus (F) brasiliensis). En esta área protegida hay igualmente moluscos, gran variedad de almejas y caracoles.

Reptiles

Se registraron para la localidad 25 especies de reptiles en las que se destacan Iguana iguana (iguana), Bufo granulosus humboldti (sapo), Cnemidophorus lemniscatus (lobito), Physalaemus pustulosos (rana), Mastigodryas pleei (ratonera), Phimophis guianensis (víbora de sangre), Oxybelis aeneus (bejuquillo) y Crotalus durisus (cascabel). La tortuga verde (Chelonia mydas) y la tortuga caguama (Caretta caretta) son las de mayor frecuencia de avistamiento en la Bahía, aunque se reportan otras como la carey (Eretmochelys imbricata), laúd o caná (Dermochelys coriacea) y golfita (Lepidochelys olivacea). El caimán aguja (Crocodylus acutus) es una especie que se encuentra en aislamiento geográfico como consecuencia de la fragmentación de su hábitat en Colombia y está en la categoría internacional de vulnerable a extinción dada por la UICN. Entre las cinco poblaciones remanentes en el país está la de Bahía Portete.

Aves

En Bahía Portete la mayor parte de la avifauna marina encuentra sitio de anidación y áreas de refugio en el manglar por lo que depende de él aunque busque su alimento en el mar.  Existen las siguientes especies: Fregata magnificens (tijereta de mar o fragata), Anhinga anhinga (pato aguja), Platalea ajaja (pato cuchara), Euxenura maguari (cigüeña) y Phalacrocorax brasilianus (pato cuervo). También existen especies exclusivas de los manglares como Conirostrum bicolor (mielerito manglero) y Dendroica petechia chrysendeta (reinita manglera). En el manglar también se avistan bandadas de Eudocimus ruber (ibis rojo), Eudocimus albus (ibis blanco), Ardea cocoi (garza morena), Phalacrocorax olivaceus (pato cuervo o yuyo), Charadrius wilsonia (chorlito) y Pelecanus occidentalis carolinensis (Pelicano). Se han reportado avistamientos de Phoenicopterus ruber ruber (flamencos rosados) aunque son muy bajos comparados con otras lugares y áreas protegidas del departamento.

Mamíferos

En términos generales la península de la guajira es hábitat de pocos mamíferos, entre ellos: Coendo vestitus (erizo), Dasypus novemcinctus (armadillo), Leptonycteris curacaosensis (murciélago), Sciurus granatensis splendidus (ardilla), Cerdocyon thous aquilus (zorro) y Tayassu pecari (zaino).