Se destacan dos grupos poblacionales relacionados con el área protegida: población campesina compuesta por familias procedentes de diferentes regiones del país como el Tolima Grande (Huila y Tolima), el eje cafetero (Antioquia, Caldas, Risaralda y Quindío), cundiboyacense (Cundinamarca y Boyacá), los santanderes, la costa Atlántica, el Cauca, el Valle del Cauca y Nariño; dando como resultado la denominada “cultura hibrida[1]”  (Montes & Santillana, 1994). Y comunidades indígenas provenientes de los departamentos de Chocó (Embera Katio), el Cauca (Páez) y Putumayo (Inga).

Al interior del parque se identifica un frente de colonización aún activo ubicado principalmente entre los 900 y 1530 msnm., que afecta un estimado de 2554 hectáreas que corresponde a un 3,6% del área total del parque nacional.

Desde el proceso de declaratoria del área protegida y como lo consigna la resolución de creación del parque, esta zona se ha reconocido como territorio ancestral ingano, si bien este pueblo no habita al interior del Parque Nacional. Los Inganos del Caquetá esta agrupados en la Asociación Tandachiridu Inganokuna conformada por los cinco resguardos ubicados en el departamento; de los cuales Yurayaco y San Miguel se localizan en el área de influencia directa del parque.

En traslape parcial con el área protegida se encuentra el Resguardo La esperanza de la comunidad Nasa, se localiza en el Municipio de Belén de los Andaquíes subcuenca del río Bodoquerito, microcuenca del Quebradón; fue creado mediante resolución No. 12 del 5 de abril de 1995 del INCORA con un área de 1278 hectáreas. Se estima que el área traslapada corresponde al 70% del área total del resguardo y a un 1,1% del área total del Parque Nacional.