Estas visitas son programadas con anticipación. Las embarcaciones nacionales y extranjeras que visitan el área protegida solicitan previamente los permisos de ingreso al Santuario de fauna y flora Malpelo en las oficinas de Parques Naturales Nacionales de Colombia, en Bogotá.

Desde Buenaventura en barco durante 36 horas solo hasta el SFF Malpelo, más allá del Santuario, pueden ser varias horas más.