Los objetivos de conservación del DMI Yurupari-Malpelo son:

1. Aprovechar de forma sostenible las poblaciones de especies trans-zonales, altamente migratorias, demersales y otras con potencial pesquero en la zona oceánica localizada al oeste de las dorsales Yuruparí y Malpelo en el Pacífico colombiano, como mecanismo para contribuir al desarrollo económico y social de la actividad pesquera nacional y como estrategia para contribuir a garantizar la seguridad alimentaria del país y a la conservación de los recursos pesqueros.

2. Conservar y conocer los ecosistemas y especies con distribución en la zona oceánica localizada al oeste de las dorsales Yuruparí y Malpelo, como estrategia para conservar el patrimonio natural marino nacional en el Pacífico Este Tropical.

3. Aportar a la conectividad ecosistémica del Pacífico Oriental Tropical, como contribución al ordenamiento ambiental del territorio marino y a la complementariedad con otras estrategias de conservación de la biodiversidad regional.