Para el Distrito Nacional de Manejo Integrado Cinaruco se han registrado  178 especies de aves, 176 especies de peces, 68 especies de mamíferos, 34 especies de reptiles, 17 especies de anfibios, 83 especies de lepidópteros (mariposas) y 33 especies de coleópteros (cucarrones).  Las expediciones adelantadas con el apoyo de la Fundación Orinoquia Biodiversa – FOB, permitieron identificar nuevos registros para el departamento de Arauca (para reptiles la especie de hílido Scinax kenedyii), para la región Orinoquia y para la cuenca binacional del Río Cinaruco (30% peces identificados) y posibles nuevas especies de lepidópteros.

En el DNMI Cinaruco se identifican 46  especies en alguna categoría de amenaza, destacando las mayores en el grupo de mamíferos donde se encuentran en peligro crítico especies como la Danta (Tapirus terrestris – MADS 2017) y el venado colablanca (Odocoileus cariacou – UICN Nacional)