Según Parques Nacionales Naturales de Colombia (2015) faunísticamente el DNMI cuenta con 20 especies de aves, 12 especies de reptiles, 22 especies de mamíferos, 4 especies de mamíferos acuáticos, 9 especies de crustáceos, 57 especies de peces objeto de pesca artesanal por las comunidades, 16 especies de peces objeto de pesca industrial y 25 especies de moluscos.

El área marina presenta una gran riqueza íctica y una fuente importante de recursos, entre los que se encuentran los camarones de aguas someras y profundas, bancos de atunes, pargos, chernas y sierras, entre otros.