La exuberante naturaleza del área protegida y su estado de conservación la convierten en un lugar apto para la realización de investigación científica. Además, como en todos los parques abiertos al ecoturismo, aquí se llevan a cabo actividades de educación ambiental por instituciones educativas o por los funcionarios que hacen una introducción a los visitantes sobre el Parque, objetivos de conservación, servicios y actividades ecoturísticas.

Colombia es el país que tiene mayor número de especies de aves en el mundo, por eso es un destino turístico para los observadores aficionados y profesionales. En el Parque se han catalogado más de 60 especies de aves, 31 de las cuales son aves marinas incluyendo cormoranes, gaviotas, fragatas y pelicanos. También existen colonias de garzas y corocoras.

Es un lugar perfecto para observar fauna y flora; se han identificado 53 especies de corales constructores de arrecifes que constituyen el 83% de las barreras coralinas en el Caribe colombiano. Aquí se reúne gran riqueza de invertebrados y tiene 167 especies de peces, de las cuales 18 están amenazadas. La vegetación marina es de gran importancia, muchas especies encuentran en este ecosistema sitios de crianza y protección.

Como el área protegida es mayoritariamente marina, los senderos están en el área de influencia del Parque, en la parte insular. Varios recorridos se pueden llevar a cabo con operadores calificados y guías turísticos, que permitirán al visitante conocer mejor los valores naturales y culturales de la zona.

Las bellezas escénicas del PNN Corales del Rosario y de San Bernardo son el lugar perfecto para esta actividad, aunque si las fotos o videos tienen fines comerciales o de publicación se debe solicitar un permiso de Parques Nacionales Naturales.

Se puede practicar buceo autónomo en Isla Grande y en Isla Tintipan.

Se ha demarcado un espacio en Isla Grande y en Isla Tintipan para realizar esta actividad.