Objetivos de conservación del área protegida:

1. Proteger y conocer la biodiversidad de los ecosistemas terrestres de la única isla oceánica del Pacífico colombiano que hace parte del corredor marino de la región, la cual es rica en endemismos.
2. Proteger y conocer la biodiversidad de los ecosistemas marinos, contribuyendo a la conservación de poblaciones de especies migratorias y de interés comercial de la región, asimismo endémicas y en riesgo de extinción.
3. Conservar los servicios ambientales vinculados a las actividades de ecoturismo en una de las Áreas protegidas con vocación ecoturística de Parques Nacionales Naturales.
4. Conocer, proteger y conservar los ecosistemas característicos asociados a las dorsales de Malpelo y Yuruparí, así como la biodiversidad asociada y los procesos ecológicos que sustentan.