El Santuario de Fauna Flora Malpelo se encuentra ubicado a 500 km al oeste del puerto de Buenaventura en el Pacífico colombiano. La única forma de acceder a la isla es a través de transporte marítimo con un aproximado de 36 horas de navegación en mar abierto, saliendo desde Buenaventura.

En el momento tres operadores turísticos privados cuentan con el permiso de ingreso al Santuario y brindan el recorrido únicamente durante fechas estipuladas, por lo que se le sugiere al turista preparar con antelación la visita y consultar calendario de ingreso de las embarcaciones.

Desde Buenaventura en barco durante 36 horas hasta el SFF Malpelo y desde puertos en Costa Rica y Panamá, hasta el SFF Malpelo.