El SFF Malpelo es un lugar perfecto para quienes se interesan por la fauna. El Santuario ha sido considerado un verdadero laboratorio viviente, entre las especies más destacadas están el tiburón martillo, la manta diablo, el piquero enmascarado, el lagarto, el cangrejo terrestre y el geko, entre otros.

La actividad ecoturística por excelencia para practicar en el área protegida es el buceo avanzado, las fuertes corrientes, oleaje y profundidad demandan una alta exigencia en seguridad. Esta actividad se puede realizar en las zonas de La gringa, Escuba, los Reyes, Los gemelos, Sahara, Vagamares, El arrecife, La nevera, Monster face, El mirador, El Freezer, acuarium, Pared del Naufragio, Bajo del ancla y Bajo del Monstruo.

Las bellezas escénicas del SFF Malpelo son el lugar perfecto para esta actividad, aunque es necesario aclarar que si las fotos o videos tienen fines comerciales o de publicación se debe contar con un permiso previo de Parques Nacionales.

La exuberante biodiversidad del área protegida y su estado de conservación la convierten en un lugar apto para la realización de investigación científica. Además, como en todos los parques abiertos al ecoturismo, aquí se llevan a cabo actividades de educación ambiental, bien sea por parte de instituciones educativas que usan el área como un aula viva.