En el parque se encuentran especies maderables como el cohíba (árbol representativo del departamento del Chocó) el níspero, el comino, el abarco, la ceiba, el carbonero, el guayacán, el caracolí (utilizado para la construcción de botes de cabotaje) y el oquendo (utilizado para la realización de artesanías por las comunidades negras e indígenas).

También hay palmas, como el chontaduro y la mil pesos que juegan un papel muy importante en la dieta de las poblaciones locales y la iraca que es utilizada para hacer encurtidos y artesanías.

Se encuentran también algunas especies de plantas medicinales y siete especies de manglar de las diez reportadas para el pacífico Colombiano.

El Parque Nacional Natural Utría encierra cuatro de los ecosistemas más productivos y a la vez más frágiles del planeta: formaciones coralinas, manglares, selva húmeda tropical y el ecosistema marino. Otro ecosistema importante son las playas, donde llegan a desovar varias especies de tortugas marinas.