Fauna
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El área protegida reporta en general 1.396 especies distribuidas en 9 grupos de animales y vegetales. El área marina alberga 254 especies de moluscos, de los cuales Melongena patula, Pinctada mazatlanica, Strombus galeatus y Strombus peruvianus están amenazados localmente, 240 especies de peces marinos y/o estuarinos, 237 especies de crustáceos de los cuales se destacan los siguientes catalogados como amenazados localmente: Cardisoma crassum, Panulirus gracilis, Pilumnus nobilii, Pinnotheres malaguena, Alpheus colombiensis, Alpheus wickstenae, Hypolobocera malaguena y Synalpheus arostris; 68 especies de poliquetos, 28 especies de equinodermos, 18 especies de esponjas, 18 especies de cnidarios de los cuales están amenazados localmente: Leptogorgia alba, Leptogorgia ramulus, Pacifigorgia agassizii, Pacifigorgia eximia, Muricea robusta y Muricea squarrosae, y de otros grupos menores de animales marinos, 6 especies.

Es interesante destacar en esta gran diversidad la presencia de octocorales en la parte central de la bahía en inmediaciones de Isla Palma e Isla Curichiche. (Saavedra y Zapata 1992). El área cuenta también con 37 especies de algas marinas. Adicionalmente, se encontraron algunas especies que están amenazadas al nivel global y nacional, entre ellas ciertos bivalvos como la piangua (Anadara tuberculosa y Anadara similis), gasterópodos como el caracol (Strombus galeatus), crustáceos y peces como los caballitos de mar (Hippocampus ingens).

También se reportan 107 especies de aves, 30 especies de mamíferos costeros, y 12 especies de mamíferos acuáticos. En la zona costera del área se reportan 14 especies de peces dulceacuícolas, 17 de reptiles, 10 de anfibios y algunos individuos de hongos e insectos.

La población de ballenas jorobadas (Megaptera novaeangliae) merece especial referencia por tratarse Bahía Málaga de una zona de crianza de ballenatos, y uno de los sitios de mayor concentración reproductiva de la especie en el Pacífico de Colombia. Sus aguas costeras son someras y cálidas, condiciones requeridas principalmente por las madres con sus crías. Por ser un área reproductiva, las ballenas llevan a cabo en este sitio actividades fundamentales en su ciclo de vida: apareamiento, parto, lactancia y crianza, reposo y socialización (Ávila, 2000). Megaptera novaeangliae se encuentra considerada en categoría de amenaza por la Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestre.

La tasa cruda anual de nacimientos es alta, entre 0,19 y 0,28 ballenatos/individuo, es decir entre un 19% y 28%, una de las más altas conocidas en el mundo. Mediante métodos de captura-recaptura con individuos foto-identificados, se ha estimado una población para Málaga que fluctúa según el año entre 474-676 (Flórez-González et al. 2003) y 547-1.167 (Capella et al. 1998), lo que representa entre 1/3 y 1/4 de la población estimada para el Pacífico Sudeste. En Bahía Málaga, la mayor densidad de ballenas jorobadas se presenta entre septiembre y octubre.