A continuación se da una mejor descripción de aquellos ecosistemas marino-costeros presentes en el PNN Uramba Bahía Málaga, información tomada principalmente de “Propuesta de Ordenamiento Territorial de la Región de Bahía Málaga; Oferta Ambiental”, de la Fundación Cenipacífico (1998).

• Estuario: lo conforma en su conjunto el cuerpo de agua de la Bahía de Málaga y su red de esteros, que acopian el agua dulce proveniente del bosque húmedo tropical. Es uno de los ecosistemas de mayor productividad junto con el bosque de manglar y los arrecifes de coral. Es particularmente diverso en especies de peces y es hábitat transitorio de especies que migran desde aguas abiertas al estuario con fines reproductivos o tróficos, incrementando su biodiversidad. La dinámica regional de corrientes explica la presencia de índices de contaminación por hidrocarburos, seguramente originada por masas de agua provenientes de la Bahía de Buenaventura. (Fundación Cenipacífico, 1998 y 2001).
• Islas e Islotes: distribuidos en el Archipiélago de La Plata, estos primeros de litoral bajo, con playas lodosas y areno-lodosas; e Isla Curichiche, Isla Monos, los Morros e Isla Palma, estas últimas de litoral acantilado (roca terciaria) y playas arenosas principalmente, a excepción de Isla Monos. Particularmente ricos en comunidades de aves. Las mayores intervenciones se dan sobre islas ocupadas por población humana del Archipiélago de La Plata. (Fundación Cenipacífico, 1998 y 2001).
• Planos de Lodo y Fondos Lodosos de Estuario (Benthos): distribuidos alrededor de las islas e islotes de los archipiélagos de La Plata y Pital, bordeando los esteros del Norte y Este de Bahía Málaga y formando el suelo sumergido por el estuario. Hábitat de gran número de especies bentónicas (que viven fijas o con relación al fondo de un cuerpo de agua) y trampas del sedimento y la materia orgánica proveniente del medio pelágico (columna de agua) o del continente (hojarasca, desechos animales, etc.). Por esta última característica puede afirmarse que se trata de un ecosistema rico, que sustenta importantes poblaciones de peces como la lisa o de moluscos como la piangua. (Fundación Cenipacífico, 1998 y 2001).
• Pelágico Nerítico: corresponde a las aguas marinas cercanas a la costa y externas a Bahía Málaga. Caracterizado especialmente por formar parte de la ruta migratoria de la ballena jorobada Megaptera novaeangliae. Su intervención se ejerce por el transporte turístico al balneario del Pacífico y por la pesca artesanal e industrial.
• Bentónico Nerítico: corresponde a los fondos marinos cercanos a la costa y externos a la Bahía. Se caracteriza especialmente por la activa sedimentación de partículas provenientes de la desembocadura o Delta del Río San Juan. Las partículas sedimentadas establecen un ciclo dinámico con el Benthos (fondo) de plataforma y, con su carga de materia orgánica, se constituyen en oferta de nutrientes para especies de peces comerciales (carduma) que de allí obtienen su alimento. Por otra parte, sobre el Benthos que circunda a Isla Palma existe una presencia importante de colonias de octocorales. (Fundación Cenipacífico, 1998 y 2001).