En Gorgona se originan una gran cantidad de corrientes de agua que se precipitan hacia el mar, principalmente por la vertiente oriental. De esta forma, el viajero tiene la oportunidad de toparse con 25 quebradas durante la época de lluvias y hasta 120 en la de mayores precipitaciones. Las lagunas Tunapurí y Ayantuna, ambas hogar de babillas, se encuentran en la ladera suroriental a una altitud de 8 msnm.