El 85% del Parque se encuentra cubierto por una espesa selva tropical. Se reportan 46 especies de musgos, 83 de líquenes, 43 de hepáticas, 85 especies de macro algas marinas y 508 especies de plantas herbáceas. Así mismo, se registran particularidades como el pino colombiano (Podocarpus guatemalensis) encontrado en el continente típicamente en el bosque nublado a elevaciones superiores que las presentadas en el Parque, y la presencia de una especie de aguacatillo (Caryodaphnopsis theobromifolia) la cual es conocida a nivel global para Gorgona y el río Palenque en el Ecuador.