El Parque tiene dos de los ecosistemas más biodiversos del trópico: El ecosistema marino, con los arrecifes coralinos que son los más desarrollados del Pacífico oriental tropical y la selva muy húmeda tropical, con un importante sistema dulceacuicola. También tiene una alta variedad de hábitats marinos y terrestres que permiten una gran diversidad biológica en un área insular marina relativamente pequeña. Desde el punto de vista biogeográfico y ecológico, la Isla constituye un área importante para la conservación porque posibilita la presencia de organismos tanto de hábitos costeros como oceánicos y continentales. También cuenta con fondos rocosos y litorales rocosos y arenosos.