El Parque Farallones, cuenta con una riqueza hidrográfica en las vertientes del Pacífico y del Alto-Cauca que, además de proveer agua a los principales centros poblados y acueductos veredales de los municipios de Jamundí, Cali, Dagua y Buenaventura, le permite alimentar dos represas (embalses del Alto y Bajo Anchicayá) para la generación de energía eléctrica en interconexión con líneas nacionales e internacionales de distribución en el país. Se destacan cuencas importantes en la región andina como las de los ríos Cali, Pance, Meléndez, Claro, Timba y Jamundí. En el sector del Pacífico se destacan las cuencas de los ríos Anchicayá (el río más largo del parque), Raposo, Cajambre, Yurumanguí, Mayorquín y Naya; estos ríos son navegables y el uso de sus aguas es de consumo doméstico y subsistencia para las comunidades locales. La gran oferta hídrica presente en el PNN Farallones de Cali, aportante para el desarrollo social y cultural del departamento del Valle del Cauca, es estimada por la contribución de más de 30 ríos y 84 quebradas permanentes.