Los Farallones están habitados por variadas formas excepcionales de la naturaleza teniendo especies de mamíferos, desde pequeños murciélagos hasta pumas, panteras, tigrillos, zorros y osos de anteojos.  Sobresalen también los marsupiales; cinco especies de primates (mico maicero, mono colorado, chongo, marteja o mico de noche y marimonda); osos hormigueros, perezosos, ardillas, conejo sabanero, nutrias, pecaríes, tatabro, venados, guaguas, guatines, armadillos, cusumbos, además de aves como Paraguero del Pacífico (Cephalopterus penduliger); Tángara multicolor (Chlorochrysa nitidissima); Montero verdeamarillo(Chlorospingus flavovirens); Pava caucana (Penelope perspicax); Gallito de roca (Rupicola peruviana). La comunidad de anfibios y reptiles destacándose ranas importantes como la venenosa de Lehman Oophaga lehmanni.