El área se encuentra surcada en su parte norte con el Arroyo Salvador y por el sur con el Arroyo sur..

del Santuario hace parte de la cuenca baja del río Magdalena, correspondiente a la microcuenca Rastro o Grande. La mayor parte del drenaje del área fluye hacia el oriente por las cuencas de cinco arroyos que desembocan en el Arroyo Rastro. Este nace en el Cerro Maco y corre hacia el oriente hasta el valle donde se encuentra San Juan Nepomuceno, llegando hasta dicha población. En todo este trayecto recibe las aguas de cuatro afluentes principales, de sur a norte: Arroyo el Medio, Arroyo Angostura y Arroyo los Cacaos, que es el límite sur del SFF Los Colorados y Arroyo Salvador que es su límite norte. A partir de la desembocadura de este último arroyo, el Arroyo Rastro desvía hacia el oriente y pasa a llamarse Arroyo Grande, nombre que mantiene hasta desembocar en el río Magdalena.

Hacia el occidente, a partir de la cresta monoclinal de la cual hace parte el cerro Maco fluyen los arroyos La María en el extremo sur, el Arroyo Matuya, que corre hacia el sur entre el Cerro Capiro y el Maco y el arroyo Algodón, también llamado El Corral, que fluye hacia el norte y desemboca al arroyo La Haya. Todas estas aguas desembocan en el Canal del Dique.

Casi todos los arroyos del área son intermitentes. Los escasos sitios donde el agua fluye constantemente coinciden con sectores donde se conserva el bosque de galería, como el caso del Arroyo Raicero, Arroyo el Corral y Arroyo el Salvador