Fauna
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Entre las especies de mamíferos se destacan el mono colorado (Alouatta seniculus), Tití cabeciblanco (Saguinus oedipus), venado (Mazama aff americana), Perezoso de tres dedos (Bradypus variegatus), Perezoso de dos dedos de Hoffmann (Choloepus hoffmanni) zaíno (Pecari tajacu), ñeque (Dasyprocta punctata), tigrillo (Leopardus pardalis), Margay (Leopardus wiedii) martica (Potos flavus), y es hábitat transitorio del jaguar (Pantera onca). Entre las aves están las guacamayas (Ara macao, Ara chloropterus, Ara severus, Ara ararauna), pava congona (Penelope purpurascens), Guacharaca (Ortalis ruficauda), cacao (Ibycter americanus) y tucán (Ramphastos sulfuratus). El Santuario es, además, un punto estratégico para las aves migratorias del norte y sur del continente y banco genético para el estudio de la biodiversidad nacional.