Al arribar al Santuario se contemplará una planicie costera formada por valles de fondo plano drenados por arroyos que aportan el agua dulce a las lagunas costeras. Aquí hay cuatro ciénagas separadas del mar por barras de arena: la ciénaga de Manzanillo, laguna Grande, la ciénaga de Chentico y la laguna del Navío Quebrado, donde desemboca el río Tomarrazón-Camarones. En el área existen otros cuerpos de aguas intermitentes que se originan en épocas de lluvias como Pozo Redondo, la Barranquita y la Marucha, y algunas corrientes menores como arroyo Perico y laguna Grande, que son de gran importancia para la existencia de los estuarios. Al terminar el período de lluvias, el intenso oleaje del mar tiende a arrastrar sedimentos hacia lo alto de la playa hasta cerrar nuevamente las bocas de las lagunas.