La red hidrográfica del Parque está conformada por dos sistemas de drenaje. El primero consiste de un conjunto de pequeñas quebradas y arroyos que fluyen directamente al mar Caribe. Hacia el oriente los caudales aumentan gradualmente y se hacen permanentes. Igualmente, las quebradas Cinto, La Boquita, San Lucas, Santa Rosa y Mason suministran agua dulce todo el año. El segundo sistema de drenaje es continental, integrado por las quebradas que desembocan al río Piedras, de las cuales la más importante es la quebrada Jordán.