Sin contar las cuarenta especies de murciélagos, se reportan un total de 59 especies de mamíferos entre los que se destacan el mono nocturno (Aotus lemurinus), mico maicero (Cebus albifrons), perezoso (Bradypus variegatus), armadillo (Dasypus novemcinctus), venado colorado (Mazama americana), jaguar (Panthera onca), ocelote (Leopardus pardalis), oso hormiguero (Myrmecophaga tridactyla), así como cinco especies de mamíferos marinos.
Se reportan 396 especies de aves, entre ellas, el tinamú chico (Cripturellus soui), buitre rey (Sarcoramphus papa), gavilán caminero (Buteo magnirostris), halcón garrapatero (Milvago chimachima) y torcaza morada (Columba cayannensis).
Entre los reptiles se encuentran cuatro especies de tortugas marinas (Caretta caretta, Chelonia mydas, Eretmochelys imbricata y Dermochelys coriacea) y la serpiente (Boa constrictor). Recientemente, se ha reportado la presencia del caimán aguja, siendo la del Parque Nacional Natural Tayrona una de las pocas poblaciones presentes en el Caribe colombiano.
Es notable la diversidad de especies marinas del parque, representada en moluscos, crustáceos, algas y corales, entre otras.