Viven 44 de las 340 especies endémicas registradas en territorio colombiano y 49 de las 3.057 especies amenazadas que están registradas en Colombia. Algunas de las más significativas son: el cóndor (Vultur gryphus), la danta (Tapirus kabomani), el jaguar (Panthera onca), el paujil (Crax alberti) y el venado de páramo (Mazama rufina). Todas están incluidas en alguna categoría de amenaza de acuerdo con los criterios de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN).