El Parque tiene una pequeña muestra de bosque seco, de aproximadamente 48 hectáreas, en el sector de Iron Wood Hill, donde se destacan la palma endémica pactá (Coccothrinax jamaicensis), dildo (Acanthocereus pentagonus), birch (Bursera simaruba), totumo o calabash tree (Crescentia cujete) y ceiba o cotton tree (Ceiba pentandra). El bosque de manglar de McBean, el más grande y conservado de la isla, tiene mangle negro (Avicennia germinans), rojo (Rhizophora mangle), blanco (Laguncularia racemosa) y botón (Conocarpus erectus).

En el Sector de Crab Cay (Cayo Cangrejo) predomina el icaco-cocoplum, cuyo fruto es aprovechado por la población local para elaborar un delicioso dulce tradicional. Bordeando la costa se encuentra una franja de praderas de pastos marinos (Thalassia testudinum y Siringodium filiforme) seguida de una laguna somera con fondos arenosos y numerosos parches de coral, que se encuentran protegidos por la extensa barrera coralina que rodea el archipiélago y que hace parte de la tercera en longitud en el mundo, después de la de Australia y la de Belice. Allí hay coral de fuego (Millepora complanata) y setos de coral cuerno de alce (Acropora palmata), colonias aisladas de coral cerebro (Diploria strigosa y Montastrea franksi), así como algunos corales blandos. Seguida de una laguna somera con fondos arenosos y numerosos parches de coral, donde se desarrollan muchas clases de algas.