La fauna terrestre del Parque está representada principalmente por algunos reptiles como la iguana (Iguana iguana rhinolopha), el pennie lizard (Anolis pinchoti), el jack lizard (Ameiva ameiva folliginosa) y el lagarto azul (Cnemidophorus lemnistcatus lemniscatus). Además, hay numerosas especies de aves entre residentes y migratorias, algunas como la fragata o man o’war (Fragata magnificens) anidan en los cayos volcánicos. En cuanto a mamíferos, solo existen murciélagos, incluyendo una especie endémica. La fauna marina es muy variada; se destacan las formaciones arrecifales, con gran abundancia de corales duros y blandos y esponjas, donde habita una gran diversidad de peces como pargos, chernas, loros, ballestas, cirujanos y roncos. Entre los crustáceos se destaca la langosta espinosa (Panulirus argus) y entre los moluscos, el caracol pala (Strombus gigas).