Los ecosistemas mejor representados en el Parque Nacional Natural de Macuira son el bosque de niebla, bosque seco tropical, bosque caducifolio o deciduo y bosque ripario o de galería. Sin embargo, la característica más llamativa del Parque es la presencia del bosque de niebla, de apariencia muy similar a los bosques andinos situados cerca de la línea de páramo (alturas superiores a los 2.700 msnm), pero tan solo ubicado por encima de los 550 msnm en esta serranía de baja altitud. Este bosque, ambientalmente frágil y a la vez sagrado para el Pueblo Wayuu, está ubicado a escasos cinco kilómetros de un área semidesértica y se encuentra presente en las tres principales cimas del macizo montañoso denominadas Paluwo’u, Walechi y Alo’ulaa. Por su parte, el Bosque seco tropical constituye una fuente importante de productos forestales maderables y no maderables tales como el Uraichi (Handroanthus billbergii), Pasaira (Astronium graveolens) y la Seiwa (Pachira quinata), entre otros. Finalmente, los bosques de galería demarcan importantes zonas de recarga hídrica superficial y subterránea formando corredores que conectan el bosque de niebla con el bosque seco perennifolio y caducifolio, siendo a su vez el hábitat ideal para muchas especies de aves residentes y migratorias.