En el Área Protegida, se han identificado una gran variedad de especies asociadas a los ecosistemas marinos costeros. Para el caso de los arrecifes de coral, se han identificado 62 especies de corales y otros celenterados, entre los que se encuentran el coral cuerno de arce (Millepora complanata,) el coral lechuga (Agaricia teniufolia) y el coral Siderastrea sidérea. Igualmente, se han identificado 18 especies de corales blandos, entre los que se encuentran el abanico de mar (Gorgonia ventalina), entre otras especies. Otro grupo identificado en el Área Protegida, comprende a los crustáceos decápodos, con 153 especies; los moluscos con 244 especies, no menos de 153 especies de equinodermos, 199 especies de esponjas y 513 especies de peces. En cuanto a reptiles se refiere, en el área podemos encontrar tortugas marinas de la especie Caretta caretta, Chelonia mydas y Eretmochelys imbricata.