La muestra de selva subandina que compone El SFF Otún Quimbaya, hace parte del corredor de conservación de la cuenca alta del río Otún.  Se encuentran, en ella,  bosques maduros, bosques naturales en diferentes estados de sucesión y plantaciones forestales de roble, uparán y pino. Los ecosistemas acuáticos los componen la red de humedales y drenajes.