El Santuario presenta entre sus principales servicios ecosistémicos la protección y conservación de la biodiversidad, la belleza paisajística, recreación y ecoturismo.

Este último de especial importancia para el área, ya que anualmente recibe más de treinta mil visitantes nacionales y extranjeros.

Visitantes que además benefician a las comunidades aledañas al Santuario, pues sustentan el primer renglón de la economía de la región.

Objetivos de Conservación del Plan de Manejo en proceso de consulta previa

Objetivo 1. Conservar el ecosistema del bosque andino insular lacustre y su biodiversidad asociada, presente en el Santuario de Flora Isla de la Corota para mantener la conectividad del piedemonte andino-amazónico.

Objetivo 2. Preservar los elementos esenciales del paisaje presentes en el Santuario como un servicio ecosistémico y fuente de recreación, inspiración, espiritualidad e importante en la dinámica económica local del Humedal RAMSAR-Laguna de la Cocha.

Objetivo 3. Mantener los valores naturales y culturales del Santuario de Flora Isla de la Corota para contribuir a la permanencia del patrimonio material e inmaterial de las comunidades locales